روند محاکمه و محکومیت قضایی آقای جوانفکر بسیار بحث‌برانگیز بوده است
علی اکبر جوانفکر، مشاور مطبوعاتی رئیس جمهور ایران و مدیر عامل خبرگزاری جمهوری اسلامی توسط مأموران قوه قضائیه بازداشت و برای گذراندن دوران محکومیت خود به زندان منتقل شد.
سایت شبکه ایران، سایت خبری موسسه مطبوعاتی ایران، گزارش کرد که آقای جوانفکر "ساعت ۱۸ و ۳۰ دقیقه [عصر] روز چهارشنبه و همزمان با آغاز سخنان محمود احمدی نژاد، رئیس جمهوری اسلامی ایران در مجمع عمومی سازمان ملل متحد از سوی دادستانی استان تهران بازداشت شد".
او سال گذشته به جرم انتشار مطالب خلاف موازین اسلامی و عفت عمومی در ویژه نامه "خاتون" که همراه روزنامه ایران توزیع شد، ابتدا به به تحمل یک سال حبس و محرومیت سه ساله از فعالیت مطبوعاتی محکوم شده بود.
به گزارش شبکه ایران، دادگاه تجدید نظر در پی اعتراض آقای جوانفکر به این حکم، دوران محکومیت او را به شش ماه زندان تقلیل داد.
در ویژه نامه "خاتون" مصاحبه ای با مهدی کلهر، مشاور پیشین آقای احمدی نژاد منتشر شده بود که در آن از رنگ سیاه چادر زنان ایرانی انتقاد شده بود.
انتشار این ویژه نامه و به ویژه مصاحبه آقای کلهر واکنش تند منتقدان اصولگرا و مذهبی دولت را برانگیخت و به محکومیت آقای جوانفکر به عنوان مدیرمسئول روزنامه ایران منجر شد.
تلاش مأموران دادستانی تهران برای جلب آقای جوانفکر در آذرماه سال گذشته به بروز درگیری میان آنها و تعدادی از اطرافیان آقای جوانفکر و کارکنان موسسه ایران انجامید و جنجال برانگیز شد.
مدتی بعد آقای جوانفکر گفت که عدم اجرای حکم محکومیتش به زندان به دلیل "وجود ولی فقیه در رأس نظام" بوده است.
این سخن می توانست به معنای دخالت آیت الله علی خامنه ای، رهبر ایران در موضوع تعبیر شود، اما سخنگوی قوه قضائیه بعدا گفت که آقای خامنه ای در این موضوع دخالت نکرده است.
