Coronavirus : puis-je être infecté par deux variantes en même temps ?
- Maitreyi Shivkumar
- The Conversation *
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La détection de multiples variantes chez une personne pourrait alors être le résultat d'une co-infection par différentes variantes, ou la génération de mutations chez le patient après l'infection initiale.
Des scientifiques brésiliens ont récemment rapporté que deux personnes étaient simultanément infectées par deux variantes différentes du SRAS-CoV-2, le virus qui cause le covid-19.
Cette co-infection semble n'avoir eu aucun effet sur la gravité de la maladie des patients et les deux se sont rétablis sans nécessiter d'hospitalisation.
Bien qu'il s'agisse de l'un des rares cas de ce type enregistrés avec le CoV-2 du SRAS, et que l'étude n'ait pas encore été publiée dans une revue spécialisée, les scientifiques ont confirmé des infections par de multiples souches d'autres virus respiratoires, comme la grippe.
Cela a soulevé des questions sur la manière dont ces virus peuvent interagir chez une personne infectée et sur ce que cela pourrait signifier pour l'émergence de nouvelles variantes.
Les virus sont les maîtres de l'évolution, ils mutent constamment et créent de nouvelles variantes à chaque cycle de réplication.
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Les pressions sélectives exercées sur l'hôte, comme notre réponse immunitaire, sont également à l'origine de ces adaptations.
La plupart de ces mutations n'auront pas d'effet significatif sur le virus.
Mais celles qui donnent au virus un avantage, par exemple en augmentant sa capacité à se répliquer ou à échapper au système immunitaire, sont préoccupantes et doivent être surveillées de près.
L'apparition de ces mutations est due à la machinerie de réplication qu'utilisent les virus et qui est sujette aux erreurs .
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Les virus sont dans un processus constant de mutation.
Les virus à ARN, tels que la grippe et l'hépatite C, génèrent un nombre relativement important d'erreurs à chaque fois qu'ils se reproduisent.
Cela crée une "quasi-espèce" de la population virale, quelque chose comme un essaim de virus, chacun ayant des séquences apparentées mais non identiques.
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Les interactions avec les cellules hôtes et le système immunitaire déterminent les fréquences relatives des différentes variantes, et ces variantes coexistantes peuvent influer sur l'évolution de la maladie ou le bon fonctionnement des traitements.
Diversité génétique
Par rapport aux autres virus à ARN, les coronavirus ont un taux de mutation plus faible . Cela s'explique par le fait qu'ils sont dotés d'un mécanisme de révision qui peut corriger certaines des erreurs qui se produisent lors de la réplication.
Malgré cela, il existe des preuves de la diversité génétique virale chez les patients infectés par le CoV-2 du SRAS.
La détection de multiples variantes chez une personne pourrait alors être le résultat d'une co-infection par différentes variantes, ou de la génération de mutations chez le patient après l'infection initiale.
Une façon de discerner ces deux scénarios est de comparer les séquences des variants circulant dans la population avec celles du patient.
Dans l'étude brésilienne mentionnée ci-dessus, les variants identifiés correspondaient à différentes lignées qui avaient été précédemment détectées dans la population, ce qui implique une co-infection par les deux variants.
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Une façon de discerner si une personne présentant de multiples variantes est le résultat d'une co-infection est d'analyser les lignées de virus qui circulent dans la population.
Tout est brouillé
Cette co-infection a fait craindre que le SRAS-CoV-2 n'acquière de nouvelles mutations encore plus rapidement.
En effet, les coronavirus peuvent également subir des modifications majeures de leur séquence génétique par un processus appelé recombinaison.
Lorsque deux virus infectent la même cellule, ils peuvent échanger une grande partie de leurs génomes entre eux et créer des séquences entièrement nouvelles. C'est un phénomène connu pour les virus à ARN.
De nouvelles variantes de la grippe sont générées par un mécanisme similaire appelé "réarrangement".
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Le génome du virus de la grippe, contrairement à celui du coronavirus, est constitué de huit segments ou brins d'ARN.
Lorsque deux virus infectent la même cellule, ces segments se mélangent et se combinent pour produire des virus avec une nouvelle combinaison de gènes.
Il est intéressant de noter que les porcs peuvent être infectés par différentes souches du virus de la grippe, c'est pourquoi on les a appelés "récipients de mélange" qui les mélangent pour produire de nouvelles souches.
Le virus de la pandémie de grippe H1N1 de 2009 est le résultat d'un réarrangement d'un virus de la grippe humaine, d'un virus de la grippe aviaire et de deux virus de la grippe porcine.
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Il a été démontré que les porcs peuvent être infectés par différentes souches du virus de la grippe, produisant ainsi de nouvelles variantes.
Avec les coronavirus, qui ne contiennent qu'un brin d'ARN dans chaque particule de virus, la recombinaison ne peut se faire qu'entre des brins d'ARN provenant d'un ou de plusieurs virus dans la même cellule.
Des preuves de recombinaison ont été trouvées à la fois en laboratoire et chez un patient infecté par le CoV-2 du SRAS, indiquant que cela pourrait entraîner la formation de nouvelles variantes.
En fait, on pense que la capacité du CoV-2-SARS à infecter les cellules humaines a évolué grâce à la recombinaison de la protéine de pointe entre des coronavirus animaux étroitement apparentés.
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Il est important de noter que cela exige que les deux virus infectent la même cellule. Même si une personne est infectée par plusieurs variantes, si elles se répliquent dans différentes parties du corps, elles n'interagissent pas entre elles.
En fait, cela a été observé chez les patients, où différentes quasi-espèces de coronavirus ont été trouvées dans les voies respiratoires supérieures et inférieures, ce qui indique que les virus à ces endroits ne se sont pas directement mélangés entre eux.
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Jusqu'à présent, les preuves suggèrent que l'infection par plus d'une variante n'entraîne pas un état de covid-19 plus grave.
Ce n'est pas plus grave
Jusqu'à présent, les preuves ne suggèrent pas que l'infection par plus d'une variante entraîne une maladie plus grave. Et bien que cela soit possible, très peu de cas de coinfection ont été détectés .
Plus de 90 % des infections au Royaume-Uni sont actuellement causées par le B117, la variante dite de Kentish.
Avec une prévalence aussi élevée d'une variante dans la population, il est peu probable que des co-infections se produisent.
Néanmoins, la surveillance permet aux scientifiques de suivre l'émergence de ces nouvelles variantes inquiétantes et de comprendre et de réagir à tout changement dans leur transmission ou dans l'efficacité des vaccins.
* Cet article a été publié sur The Conversation et reproduit ici sous la licence Creative Commons. Vous pouvez lire la version originale (en anglais) en cliquant ici.
* Maitreyi Shivkumar est professeur de biologie moléculaire à l'université De Montfort, au Royaume-Uni.
